通州发现北京地区惟一幸存的驿站遗址——明代永乐年间设置的“潞河驿”。潞河驿就是通州驿，“潞河”就是古代通州的别称。潞河驿被称为京门首驿，是一个很少见的水陆两用驿站，当年外国使节走水路出入北京必于此驿码头上下船，并由礼部官员至此接送。据《通州志》记载，潞河驿是在明代永乐年间设置的，原为南向前后两个院落。在清代康熙三十四年，为保障漕运，潞河驿被移到如今张家湾镇的萧太后河南岸，与当时的合河驿合并成一个驿站，现在当地人仍称那个地方为馆驿胡同。到了乾隆年间，东关要兴建东路御酒厂，就选定了潞河驿旧址。直至民国年间，东路御酒厂仍然在生产白酒。
潞河驿旧址是北京地区惟一幸存的驿站遗址，是北京皇家文化的组成部分。而东路御酒厂旧址是大运河北端商业发达和北京酒文化之历史见证，历史价值甚高。
元代以来，各代在通州均设管理漕运事务的衙署。元代设督漕运司，明代因修建宫室、城垣、定陵和北部长城，对运河水运更为重视，在北京设仓场总署，由户部管理，并在通州设有尚书馆、户部分司、坐粮厅公署、监督主事公署、巡仓公署、巡漕公署等近40个办事机构，衙署遍布通州城内。清依明制，依旧在通州设置户部坐粮厅署、仓场总署、漕运厅署等大小衙署数十处。
清代仓场总督衙门位于新城南门东，为明总兵府改建；通永道衙门在州城内天恩胡同偏东；户部坐粮厅署在新城内西察院，为原明总督粮场太监居住的忠瑞馆；大运西仓监督署在坐粮厅后，即明代忠敬馆；大运中仓监督署在州旧城南门内；东路厅署在州新城内草厂；理事厅与漕运厅署在张家湾城内；通州知州署、州同署、州判署均在通州城内；土坝掣斛厅在土坝，为州同督漕公廨，每年南运漕粮抵达通州时均驻扎于此；石坝掣斛厅在石坝，明时称督储馆，有大官厅一座，为判督漕处所；驿丞署与巡检署在张家湾城内；左营都司署与张家湾营都司署均在张家湾城，右营守备署在通州州治西南。从这些衙署的级别来看，几乎涉及明清所有行政建制的品级，其中关于仓储与漕运的占绝大部分，即便作为地方行政人员的知州、州同、州判，除料理地方事务外，也必须承担大量的漕运事务。
从官员的品级来看，通州各漕运官员从二品的仓场总督、正四品的道台、正五品的坐粮厅朗中，到正五品的直隶州知州、正六品的主事、从六品的同知，最后是九品的巡检，而军事都司与守备则分别属正四品与正五品。
明代通州受蒙元残余势力等威胁，所以要驻重兵防护城池与粮仓，因此通州驻扎有六卫。命徐达镇守北平府（今北京地区）且于京东重镇通州城内驻守重兵近六千人，称通州卫，直隶兵部。通州卫署设于北大街南部以东，坐北朝南。建文四年（1402），燕王朱棣夺得皇位，为增强其根据地军事力量，将安吉卫调至通州驻防，仍称通州卫，袭用旧署。在其决定将首都自南京迁往北京之后，就将通州卫升为亲军，命勋贵镇守。通州卫署周围形成街巷，名为通州卫胡同。
通州的漕运衙门还有很多，比如负责漕运官兵事务的漕帅府、设在张家湾城内的漕运厅等。除了朝廷设在通州的漕运衙门外，通州还有不少各省的办事处。远来的漕船漕丁难免受到刁难与拖延，甚至舞弊肥私，于是各省布政司或巡抚衙门，以及粮帮盐帮组织，纷纷在通州设立漕运总局或漕运会馆，负责交纳漕粮、钻营打点使银子，并处理漕粮潮湿及缺欠等问题。江苏漕运总局设于通州北门内贡院胡同，分局设在北关小口。浙江漕运总局设在通州北门内剪子巷，即今安抚胡同，分局在北关砖厂。南方会馆名气最大的为江西会馆，始建于清乾隆三十年（1765），知州万廷兰率江西运丁，在城内罗家桥修建许真君庙，作为处理江西漕务的会馆，并于道光元年（1821）重修，更名万寿宫。
